Del convento franciscano solo nos queda su Iglesia; sería el 26 de abril de 1590 cuando tuvo lugar el Acta Fundacional del Convento. Actualmente cuenta con dos naves, separadas por una serie de arcos torales. Cuenta actualmente con tres retablos, uno en la nave central de estilo barroco de tres cuerpos, en la nave de la derecha uno más pequeño de estilo barroco indianizante, y en la pequeña capilla de la izquierda uno de piedra clara y mampostería.
El Convento de San Francisco es actualmente un Museo de Arte Sacro.